Shouichi biến thân thành Agito và chiến đấu với Unknown trong khi phải gánh trên vai nỗi đau mất trí nhớ. Cơ thể của Ryo bị suy yếu đi vì anh đã thức tỉnh khả năng biến thành Gills. Những chiến binh giấu mặt bí ẩn Agito và Gills, cùng với G3 - Hikawa, và những người xung quanh cô bé Mana, số phận của họ sẽ ra sao?!

Đây là phiên bản tiểu thuyết của Kamen Rider Agito được phát sóng từ tháng 1 năm 2001 đến tháng 1 năm 2002, cuốn sách được viết bởi Okamura Naohiro, được giám sát bởi Inoue Toshiki (biên kịch của series gốc).

Tiểu thuyết Kamen Rider Agito gồm 4 chương chính, được xuất bản cùng với tiểu thuyết Kamen Rider Ryuki vào năm 2013 trong series "Tiểu Thuyết về Heisei Rider". Nội dung chính là kể lại câu chuyện của series theo cách hoàn toàn khác biệt với tv series gốc.