Câu chuyện kể về một nền văn minh tương lai quay trở lại Trái đất sau vì chiến tranh cản trở họ du hành bên ngoài không gian thời hậu Tận thế. Trong thời điểm này, vùng đất hiếu khách duy nhất trên Trái đất là một quần đảo nhỏ với tên gọi Các Quốc Gia Thần Thánh (the Divine States). Để lấy lại công nghệ điều khiển không gian mà họ đã đánh mất sau trong năm chiến tranh, họ quyết định tái hiện lại lịch sử bằng một cuốn sách có tên là Thánh Kinh (the Testament) làm sách hướng dẫn.

Năm 1648 trong Kỷ nguyên Ước (the Testament Era). Toori Aoi, Hiệu trưởng kiêm Chủ tịch Hội đồng Học sinh của học viện duy nhất trên thành phố phi thuyền Musashi, đối mặt với lễ kỷ niệm mười năm ngày mất của người bạn thời thơ ấu Horizon Ariadust bằng cách cầu hôn P-01s (một búp bê tự động trông giống hệt Horizon).Lúc này, anh phát hiện ra rằng P-01s thực chất là Horizon Ariadust, được tái sinh thành một cơ thể người máy. Thêm vào đó, cảm xúc của Horizon đã bị tước đoạt và được lưu trữ trong tám vũ khí mạnh mẽ được gọi là Mortal Sin Armaments; hiện đang thuộc quyền sở hữu của những người chủ chốt ở các quốc gia thành lập khác nhau trong các Quốc gia Thần thánh.

Để lấy lại cảm xúc của Horizon Ariadust, Toori Aoi cùng với bạn bè và đồng minh của mình bắt đầu một cuộc thập tự chinh chống lại những trở ngại khác nhau khi các sự kiện quan trọng trong lịch sử được tái hiện theo cách tương lai.