"Hundred" —Đây là thứ vũ khí duy nhất có khả năng chống trả lại những dạng sống bí ẩn "Savage", thứ đang đe dọa sự tồn vong của Trái Đất. Nhân vật chính Kisaragi Hayato là một thanh niên với mục tiêu trở thành "Bậc thầy võ thuật" để có thể trở thành một người sử dụng Hundred. Vậy nên cậu đã rất cố gắng để được nhập học tại Học viện Hàng không mẫu hạm "Little Garden".

Nhưng—

"Mình đã rất muốn gặp cậu đấy, Hayato—!"

Xoay quanh người bạn cùng phòng của cậu Emile Crossford, một người, vì lí do gì đó có vẻ cũng biết rõ về cậu, Hayato bắt đầu cảm thấy lo lắng vì đó. Chưa hết, chỉ ngay sau khi vừa dự buổi khai giảng, cậu đã bị thách đấu bởi võ sư mạnh nhất học viện "Nữ hoàng" Claire Harvey.

Câu chuyện về học viện Slayer mở ra từ đây.