Lấy bối cảnh một năm sau kết thúc Persona 4 , Naoto được yêu cầu điều tra sự biến mất bí ẩn của hai học sinh Yagakoro bởi một người bạn thám tử cũ, Touko Aoi . Ở đó, cô ấy hợp tác với Sousei Kurogami , một người máy cơ giới, một thám tử và là một người cực đối lập với cô cả về tính cách và phương pháp luận. Trong lần gặp đầu tiên với anh, cô thức tỉnh được một Persona mới Amatsu Mikaboshi, cho phép cô khuếch đại năng lực Persona của Sousei, Tsukuyomi . Cùng với Sousei, cô phát hiện ra Midnight Site, một trang web ẩn danh, một toà án nơi những người được chọn bị sẽ bị phán xét bởi năm thẩm phán được đặt tên theo các vị thần trong thần thoại Nhật Bản - Uzume , Sarutahiko , Omoikane, Tajikarao và Futotama...